Kedi Catcher ve diğer sivil kedilerin tamamı 1986 yapımı ilk filmin sonunda robot köpek tarafından pasifize edilmişlerdi. Bunun sonucu olarak tüm kedi ve fareler uzun bir zaman birlikte barış içinde yaşamayı başardılar. Peki ya bundan sonra ne oldu?

Pafrika Ormanlarında bir grup etkisiz hale getirilememiş kedi yaşamaya devam etmektedir. Olan bitenlerden haberdar olmayan kediler Stanley adında gazeteci bir fare tarafından yapılan araştırmalar sırasında ortaya çıkarılırlar. Stanley ormanda yaşayan avcı kediler tarafından yakalanır. Orman kedileri başlarında şef Moloch tarafından yönetilen bir ordu ile dünyayı eski düzenine kavuşturmaya karar verirler.